有機廢氣凈化系統處理后的煙氣，如化工、治金等生產過程排放的含硫煙氣，本身具有一定的腐蝕性。結合溫度、濕度等因素的影響，其腐蝕會進一步增強，會腐蝕有機廢氣凈化裝置和管道，不僅會縮短系統的使用壽命，還會因腐蝕造成泄漏，造成污染，甚至造成中毒或爆炸等惡性事故，因此有機廢氣凈化系統的防腐至關重要。
金屬腐蝕保護膜：常用的兩種金屬保護膜。一是把比鐵更強的電負性金屬膜鍍在鋼材的表面上，這些金屬通常容易在空氣中形成固體氧化膜，以保護鍍膜本身及鋼材不受腐蝕。由于鍍層電負性比鋼材更高，當鍍層被破壞時，有電解溶液的存在，在受損區域形成了原電池，從而產生電化學腐蝕，結果將首先腐蝕防腐鍍膜，以防止腐蝕鋼材，直到電鍍完全腐蝕，鋼材才開始受到腐蝕，更常見的是鍍鋅鋼板。
非金屬保護膜防腐：采用油漆及各種活動有機防腐材料，通過研究噴涂等工藝可以形成一個金屬結構材料的保護層，從而能夠達到防腐蝕的目的。
使用耐腐蝕材料進行防腐：尋找合適的耐腐蝕材料是一項重要的防腐措施（例如PP聚丙烯、不銹鋼等）。在選擇材料時，不僅要考慮材料在使用條件下的良好耐蝕性，還要考慮材料的機械強度、加工難度、耐熱性和材料的來源和價格。
除了防腐蝕措施，有機廢氣凈化系統運行的過程中，需要加強防腐的管理及有機廢氣處理設備的維護，只有這樣才能保證不被腐蝕和正常運行的長期設備。
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